Donald Jay Fagen wurde am 10. Januar 1948 in Passaic, New Jersey, geboren und schon in frühester Jugend durch seine Mutter geprägt, die unter dem Namen Ellen Ross als Revuesängerin aufgetreten war und während ihrer heimischen Hausarbeit die Songs von Kern, Berlin, Arlen, Gershwin, Porter usw. vor sich hinträllert. Als sein Vater 1955 dann den ersten Fernseher kauft, sieht der 7-jährige Donald zum ersten Mal Chuck Berry in der Dick Clark Show und investiert sein Taschengeld fortan in Rhythm&Blues-Singles.
Etwas später lernt er durch seine Cousins und Cousinen Barbara, Mike und Jack den Weg zum Modern Jazz, verschenkt alle seine Singles und mausert sich zum überzeugten Jazz-Snob und Junior Hipster. Er abonniert Downbeat, tritt in einen Science Fiction-Buchclub ein, liest Ferlinghetti, Ted Joans, Brecht, Albee, Krassner und treibt sich in Jazz-Clubs wie dem Slug’s und Village Vanguard herum, wo er Duke Ellington, Stan Kenton, Charles Mingus und andere live sieht. Mit elf Jahren beginnt er seine Lieblingsstandards auf einem Acrosonic Spinet nachzuspielen. Trotz eines ADHD-Syndroms gründet er seine erste Band, mit der er sich auf dem Jazzfeld versucht.
Der entscheidende Kick sollte jedoch erst 1968 kommen, als er Walter Becker trifft. Die beiden haben viele Gemeinsamkeiten, lieben Motown und Jazz und werden von ihrem Freund Terence (Boona) Boylan für erste Schallplattenaufnahmen engagiert. Weitere Studioaufnahmen und Kompositionsjobs folgen, nachdem der Chef der ABC Dunhill Records, Gary Katz, sie entdeckt. Mehr aus Zufall setzt sich aus Jim Hodder, Jeff "Skunk” Baxter, Denny Dias und Dave Palmer eine Band zusammen, die sich nach einem Fake-Dildo aus William S. Burroughs Naked Lunch benennt: Steely Dan.
Can’t Buy A Thrill und Countdown To Ecstasy entstehen, aber im Sommer 1974 bricht die Besetzung auseinander. Auf Pretzel Logic übernimmt Donald Fagen die Vocals dann selbst und das Becker/Fagen-Duo arbeitet fortan mit engagierten Studiomusikern. Bis 1980 entstehen Katie Lied, The Royal Scam, Aja und Gaucho, die von der Kritik allesamt hochgelobt werden. Aja und Gaucho erhalten sogar Grammy-Nominierungen. Becker und Fagen gehen zunächst eigene Wege: Becker lebt in Hawaii, Fagen bleibt in New York und veröffentlicht The Nightfly, das zum sofortigen Klassiker wird. Fagen widmet sich zunächst der Filmmusik (Bright Lights, Big City; The King Of Comedy etc.) und arbeitet mit Künstlern wie Diana Ross, Yellowjackets und Manhattan Transfer zusammen.
In den Neunzigern stellt er mit Produzentin und zukünftiger Ehefrau Libby Titus eine Serie von Clubkonzerten auf die Beine, die sich unter dem Namen The New York Rock and Soul Revue um das Werk von Songwritern wie Bert Berns und Jerry Ragovoy bemühen und auf ausgedehnte Tourneen gehen. Auch Walter Becker stößt zur Revue, nachdem er nach New York zurückgekehrt ist um 1992 Fagens zweites Soloalbum Kamakiriad zu produzieren. Kurze Zeit später rufen Becker und Fagen das All New Steely Dan Orchestra ins Leben, und Donald Fagen produziert Walter Beckers Solo-Album Whack. 1996 arbeiten sie zusammen am Steely Dan-Album Two Against Nature, das im Jahre 2000 erscheint und vier (!) Grammy-Auszeichnungen einstreichen kann. Noch im selben Jahr werden Steely Dan in die Rock’n’Roll Hall Of Fame aufgenommen und mit dem Ehrendoktor des Berklee College Of Music gewürdigt.
2003 schieben sie schließlich das Album Everything Must Go nach. 2006 erscheint Donald Fagens drittes Solo-Album Morph The Cat, das mit The Nightfly und Kamakiriad im darauffolgenden Jahr zur Nightfly Trilogy zusammengefasst wird. Nebenher geht die Arbeit mit der Steely Dan Band ungebrochen weiter: Erst im Jahr 2011 sah man Walter Becker und Donald Fagen zusammen mit Keith Carlock, Freddie Washington, Jon Herington, Jim Beard, Michael Leonhart, Walter Weiskopf, Roger Rosenberg und Jim Pugh zusammen auf einer großangelegten Tour durch die USA.