Werner Weidenfeld wurde am 2. Juli 1947 in Cochem geboren. Er absolvierte 1966 sein Abitur am Eichendorff-Gymnasium in Koblenz. Anschließend begann er sein Studium der Politikwissenschaft, Geschichte und Philosophie an der Universität Bonn. 1971 promovierte Werner Weidenfeld zum Dr. phil. mit einer Dissertation über die Englandpolitik Gustav Stresemanns. 1975 erlangte er seine Habilitation im Fach Politikwissenschaft mit einer Arbeit über die deutsche Europapolitik in der Ära Adenauer.
In der Zeit von 1975 bis 1995 arbeitete er an der Johannes Gutenberg-Universität Mainz als Professor für Politikwissenschaft. Im Jahre 1986 begab sich Werner Weidenfeld nach Frankreich und arbeitete dort von 1986 bis 1988 als Professeur associé an der Sorbonne in Paris. Seit 1987 war er dann auch als Koordinator der Bundesregierung für die deutsch-amerikanische Zusammenarbeit bis 1999 tätig. Im Jahre 1993 wurde er Mitglied des Vorstands der Bertelsmann-Stiftung in Gütersloh, 1990 bis 2004 zugleich Mitglied des Beirats und später des Kuratoriums.
1994 wurde er mit dem Ehrendoktor von Middlebury (Vermont) ausgezeichnet. Seit 1995 war er Inhaber des Lehrstuhls für Politische Systeme und Europäische Einigung am Geschwister-Scholl-Institut für Politikwissenschaft der Ludwig-Maximilians-Universität München und Direktor des Centrums für angewandte Politikforschung (C-A-P). Seit 2000 ist er zudem ständiger Gastprofessor an der Chinesischen Volksuniversität Peking. Werner Weidenfeld wurde zum Sommersemester 2013 emeritiert, als Lehrstuhlnachfolger wurde Klaus H. Goetz von der Universität Potsdam berufen. Die Leitung der CAP unterliegt weiterhin Weidenfeld als Drittmittelmitarbeiter der LMU München.
Bis 2005 war Werner Weidenfeld lange Jahre Herausgeber der Fachzeitschrift Internationale Politik. Weidenfeld ist ein Neffe des Benediktinerabtes Ildefons Herwegen und Vorsitzender des Vorstandes des nach diesem benannten "Abt-Herwegen-Institut für liturgische und monastische Forschung" der Abtei Maria Laach.
2012 wurde er von der Europäischen Akademie der Wissenschaften und Künste zum Rektor der Alma Mater Europaea - European University for Leadership ernannt. Dieses Amt trat er nach seiner Emeritierung an der LMU München im Jahr 2013 an. Seit 2012 lehrt er zudem an der Zeppelin Universität in Friedrichshafen.
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