Der ideelle Gesamtterrorist bin Laden führt dazu, dass gewisse Eliten in Südostasien angesichts eines letzten Gefechts gegen den Terror in innenpolitische Zerreißproben geraten. Vor allem Präsidentin Gloria Macapagal-Arroyo steht in Manila heftig unter Druck, seit Washington die südphilippinische Abu Sayyaf-Gruppe (ASG) auf die Liste jener weltweit agierenden 27 Organisationen setzte, die es "auszumerzen" gelte.
Die Abu Sayyaf - Ende der Achtziger nach erfolglosen Friedensverhandlungen zwischen der damals größten politischen Organisation des muslimischen Widerstandes, der Moro Nationalen Befreiungsfront (MNLF), und Präsidentin Corazon Aquino entstanden - rekrutierte ihre Anhänger, teilweise mit Kampferfahrungen in Afghanistan, zunächst auf der Insel Basilan und später im benachbarten Jolo. Aufgrund teilweiser Durchsetzung der Organisation mit staatlichen Sicherheitskräften während der Ramos-Administration (1992 bis 98) ist die Abu Sayyaf von Militärfraktionen als Destabilisierungselement instrumentalisiert worden. Einerseits sollte muslimischer Widerstand insgesamt desavouiert werden, zum anderen ging es um erhöhte Militäretats. Was philippinische Armeekommandeure nicht daran hinderte, gegen Zahlung von Schmiergeldern die Abu Sayyaf durch Belagerungsringe schlüpfen zu lassen.
Die Anschläge vom 11. September kamen nun gerade recht, um wenigstens teilweise das ramponierte Image der philippinischen Armee aufzupolieren. Diese hatte schon Anfang 1995 nach eigenen Angaben Informationen an die US-Botschaft in Manila und die US-Joint-Task-Force-on-Terrorism weitergeleitet, wonach entführte Maschinen von US-Fluggesellschaften als Bomben gegen US-Militäreinrichtungen und zivile Ziele eingesetzt werden sollten. Nach einem Blitzbesuch des Oberbefehlshabers der US-Pazifikflotte, Admiral Thomas B. Fargo, werden nun zunächst einmal die einstigen US-Militärbasen Subic Naval Base und Clark Air Field den USA erneut zur Verfügung gestellt.
Der von Mohamed Jamal Khalifa (einem Schwager Osama bin Ladens) geleiteten International Islamic Relief Organization (IIRO) wird vorgeworfen, unter dem Deckmantel humanitärer Hilfe auf Mindanao die Abu Sayyaf finanziert zu haben. Mit Hilfe von IIRO-Geldern sollen überdies Trainingsprogramme für indonesische Laskar-Jihad-Anhänger finanziert worden sein. Diese paramilitärische Gruppierung unter Führung von Ja´afar Umar Thalib war für mehrere Terroranschläge auf den Molukken verantwortlich und erfreut sich der Rückendeckung unter Offizieren, die noch immer Ex-Diktator Suharto nahe stehen. Doch nicht diese Klientel hat die neue indonesische Präsidentin Megawati Sukarnoputri im Visier, sondern den legitimen Widerstand in Aceh und Westpapua. Die dafür nötige militärische Rückendeckung erhielt Megawati während ihrer kürzlichen Staatsvisite in Washington.
