„Doch das Böse gibt es nicht“ entstand ohne eine Produktionsgenehmigung durch den iranischen Staat, denn diese wäre, wie Koproduzent Kaveh Farnam erklärte, sowieso nicht erteilt worden. Stattdessen reichten er und Koproduzent Farzad Pak Anträge für die Dreharbeiten von vier Kurzfilmen ein, jeder in einer anderen Stadt. In den Anträgen waren jeweils andere Regisseur*innen und Drehbuchautor*innen genannt – Freunde des Filmteams, die mit ihrer Nennung in diesen Anträgen ebenfalls ein großes Risiko eingegangen sind. Mohammad Rasoulof leitete die Dreharbeiten, wo immer es verantwortbar war, teilweise war er durch eine Verkleidung unkenntlich gemacht. An manchen Drehorten, z. B. am Teheraner Flughafen, konnte er sich nicht zeigen, die Regiearbeit am Set wurde dort von der Regieassistenz übernommen.
Als Schauplätze der vier Episoden schwebten dem Regisseur Orte mit einer jeweils sehr eigenen Landschaft und Atmosphäre vor. Regie und Team reisten daher zu Beginn 40 Tage lang durch den Iran, um Locations zu finden, die der Vorstellung von Rasoulof entsprachen.
Für das Schauspielensemble arbeitete er wie bereits in der Vergangenheit mit Laiendarsteller*innen zusammen, verpflichtete aber gleichzeitig einige der angesehensten Schauspieler*innen des Landes.
Mohammad Rasoulof beschrieb in einem Interview, dass seine Drehtage immer mit einem Blick auf sein Smartphone begannen, immer in der Erwartung, die gegen ihn gerichtete einjährige Gefängnisstrafe könnte vollstreckt werden. Eine Woche vor Ende der Dreharbeiten traf dann tatsächlich die Benachrichtigung ein, dass die Gefängnisstrafe in erster Instanz vor Gericht bestätigt wurde. Die restlichen Drehtage fanden in der Unklarheit statt, wann der Gerichtsbescheid genau in Kraft treten würde, ein massiver psychischer Druck, den Rasoulof, wie er später erwähnte, ohne die Solidarität seines Teams nicht ausgehalten hätte.
Schnitt und Postproduktion fanden nach Abschluss des Drehs in Teheran und Hamburg statt.